Identificazione della variante Δ382 di SARS-CoV-2

Riassunto e traduzione dell’articolo: Y.C.F. Su, D. E. Anderson, B.E. Young, F. Zhu, M. Linster, S. Kalimuddin, J.G.H. Low, Z. Yan, J. Jayakumar, L. Sun, G. Z. Yan, I. H. Mendenhall, Y.S. Leo, D. C. Lye, L. Wang, G. J.D. Smith Discovery of a 382-nt deletion during the early evolution of SARS-CoV-2, biorXiv [Articolo non ancora sottoposto a peer-review]

Riassunto e traduzione a cura di: Agnese Loda; Revisionato: Antonio Carusillo,Giulia Poggi

Articolo Originale Pubblicato il 12 Marzo 2020

In questo studio gli autori descrivono una variante genetica di SARS-CoV-2 caratterizzata dalla delezione di 382 nucleotidi nella open reading frame 8 (ORF8) del genoma virale. Considerando che diverse varianti della ORF8 di SARS-CoV influenzano i processi di replicazione virale e adattamento all’ospite, gli autori suggeriscono che la delezione Δ382 possa risultare in una versione attenuata di SARS-CoV-2.

Nei mesi di Gennaio e Febbraio 2020 a Singapore, é stata identificata una nuova variante genetica di SARS-CoV-2 in 8 pazienti. Rilevata mediante sequenziamento genomico, la nuova variante presenta una delezione di 382 nucleotidi all’estremitá 3’ del genoma virale (da qui il nome Δ382). La rilevanza di Δ382 sul ciclo vitale di SARS-CoV-2 non è chiara, anche se mutazioni della ORF8 di SARS-CoV sono state identificate come varianti fondamentali nell’evoluzione del virus. Per esempio, una variante genetica della ORF8 di SARS-CoV è stata associata ad attenuazione della replicazione virale nelle prime fasi dell’adattamento del virus all’ospite umano dopo la trasmissione inter-specie. In seguito, sono riportati i risultati principali dello studio:

1. La delezione Δ382 include parte delle ORF 7b e 8, compresa la sequenza regolatrice TRS (transcriptional regulator sequence) della ORF8. Dal punto di vista funzionale, Δ382 risulta nella completa perdita di trascrizione della ORF8 e nell’aumento dell’espressione della proteina N virale (i.e. la proteina del nucleocapside).

2. L’analisi filogenetica di tutte le varianti genomiche di SARS-CoV-2 fino ad ora identificate ha individuato un ceppo virale recente (i.e. lineage 1) che presenta una sostituzione di un amminoacido di leucina con uno di serina in posizione 205 della ORF8 (variante L250S). Questa mutazione, precedentemente descritta in altri coronavirus, è stata selezionata positivamente durante il processo di trasmissione inter-specie di SARS-CoV e, pertanto, potrebbe favorire eventi zoonotici.

3. I virus Δ382 costituiscono un gruppo di SARS-CoV-2 separato del ceppo lineage 1 e si stima che siano comparsi nella popolazione umana a partire dal 7 Febbraio 2020, a Singapore. Dato che la mutazione Δ382 risulta nella perdita completa della ORF8, compresa la variante L250S, questa delezione potrebbe rappresentare una forma attenuata di SARS-CoV-2 che deriva dall’adattamento virale all’ospite.

Conclusioni:

Il potenziale significato biologico della variante Δ382 è supportato da precedenti studi in cui delezioni della ORF8 di altri CoV sono state associate ad una ridotta capacità replicativa del virus nelle prime fasi successive alla trasmissione inter-specie. Nonostante ulteriori studi siano necessari per confermare la rilevanza di Δ382 sulla dinamica di trasmissione di SARS-CoV-2 nell’attuale pandemia, la variante Δ382 può essere utilizzata come marker epidemiologico a livello molecolare.

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